Debutó a principios de los años 1980 en Argentinos Juniors. Fue parte del plantel del seleccionado de Argentino de 1986.  En Argentinos Juniors, obtuvo la Copa Libertadores en el año 1985, obteniendo el derecho de jugar la Copa Intercontinental, en Japón, contra la poderosa Juventus, que contaba entre sus filas con Michael Laudrup y Michel Platini, entre otros. En esa final Claudio Borghi fue la gran figura del partido, a pesar de que el equipo argentino caería derrotado en la tanda de penales.Tras el mundial de México, fue transferido al AC Milán,  De allí  fue  cedido al Como. Finalmente, volvió al fútbol sudamericano vistiendo la casaquilla de  River Plate,  además jugó en  los siguientes clubes , Huracán, Colo-Colo de Chile, Unión de Santa Fe, Flamengo de Brasil, Club Atlético Independiente y Platense (entre otros) en Argentina, y posteriormente , vuelve a Chile, donde pudo brillar en Audax Italiano,O'Higgins y Santiago Wanderers, club donde se retira.
Como director técnico debutó profesionalmente en Audax Italiano, para luego registrar un exitoso paso por el fútbol universitario, en la selección de la Universidad de Las Américas.  Con Colo-Colo consiguió el primer tetracampeonato de un club de fútbol en Chile, y logró llegar a la final de la Copa Sudamericana 2006. En el 2008 asume  como técnico de Independiente de Argentina. hasta que el  5 de octubre de 2008 presentó su renuncia. En mayo de 2009 asume como tecnico de Argentinos Juniors, logrando el título del Torneo Clausura 2010. El 20 de mayo de 2010 es presentado como nuevo director técnico del Club Atlético Boca Juniors, iniciando así su segundo desafío como entrenador de un equipo grande de la Argentina, tras su paso por Independiente en el 2008.